Truyện "Cool Na Megami-Sama To Issho Ni Sundara, Amayakashi Sugite Ponkotsu Ni Shite Shimatta Ken Ni Tsuite" bắt đầu với cô gái trẻ Sora, một học sinh phổ thông bình thường trở nên phức tạp khi cô phát hiện mình có khả năng nhìn thấy linh hồn và đối mặt với các vấn đề siêu nhiên không lường trước.
Một ngày, khi Sora đang đi dạo trong công viên, cô chứng kiến một cuộc xung đột giữa một linh hồn bị vướng mắc và một học sinh tên Tsuki. Tsuki, người được linh hồn gọi là Akihiko, đang đấu tranh với trách nhiệm của mình và cảm thấy mệt mỏi với cuộc sống.
Sora quyết định can thiệp và giúp Tsuki và Akihiko giải quyết mâu thuẫn giữa họ. Nhờ sự nhạy bén và tình cảm của mình, cô giúp họ nhận ra rằng chỉ khi họ hiểu và chấp nhận lẫn nhau, họ mới có thể tìm được giải pháp cho vấn đề của mình.
Từ đó, mối quan hệ giữa Sora, Tsuki và Akihiko ngày càng phát triển, khi họ cùng nhau trải qua những thử thách, khám phá bí ẩn về thế giới siêu nhiên và học hỏi về tình yêu, sự hy sinh và sức mạnh của tình bạn. Họ phải đối mặt với những nguy hiểm đang rình rập và đồng lòng bảo vệ thế giới của họ, đồng thời cũng khám phá ra những bí mật về chính bản thân mình.
