Trên mái trường Ashford, nơi mà học sinh giàu có và giỏi giang học tập, tồn tại một câu lạc bộ bí mật mang tên "Shikkoku No Renya" - những kẻ nổi loạn, luôn chống đối sự thống trị của quy tắc và tự do nhưng không phải là những kẻ ác độc. Trong số họ, Renya, một học sinh bí ẩn với ánh mắt sắc lẹm và trái tim bị vết thương sâu thẳm, luôn tìm kiếm công lý và tự do cho mình cũng như cho những người bị bó buộc bởi xã hội.
Một ngày, khi Ashford bị cuốn vào cuộc chiến giữa các phe phái ẩn danh, Renya phát hiện ra mình có khả năng đặc biệt để điều khiển suy luận của người khác thông qua "Code Geass". Từ đó, anh nhận ra sứ mệnh của mình không chỉ là bảo vệ bạn bè mình mà còn là thay đổi thế giới thực, xóa bỏ sự bất công và áp đặt của quy tắc vô lí.
Sự kiện lần này không chỉ thử thách Renya về quyết định giữa nguyên tắc và tình cảm mà còn đưa ra một câu hỏi lớn: liệu sự tự do mà anh đuổi theo có đồng nghĩa với sự hủy diệt của hệ thống đang tồn tại hay không?
