Trong một thế giới nơi mọi thứ chuyển động theo nhịp điệu của bánh răng, một cậu thiên tài kỹ thuật trẻ tuổi tên Naoto đã vô tình khám phá ra một âm mưu đen tối đang đe dọa sự cân bằng của thành phố Clockwork. Khám phá của cậu bắt đầu từ việc nhận ra rằng những bản vẽ kỹ thuật cổ xưa được lưu trữ trong thư viện cổ đại có chứa những thông điệp bí mật về nguồn gốc của thế giới này.
Không lâu sau, Naoto bất ngờ gặp gỡ Marie, một cô gái xinh đẹp nhưng lạnh lùng, đang giữ chìa khóa tới những bí mật ẩn chứa sự thật đau lòng. Hai con người này bắt đầu hành trình chống lại thế lực đen tối, bước vào những cuộc chiến đầy kịch tính và rượt đuổi nguy hiểm khắp nơi.
Trải qua những thử thách, Naoto phát hiện ra rằng quá khứ ký ức mờ và quá trình khám phá sự thật sẽ đưa cậu tới cơ hội cứu rỗi hoặc tiêu diệt cả thế giới. Trái tim của Naoto lúc này dường như bị chia thành hai phần, giữa lòng trung thành với Clockwork và trái tim yêu thương Marie. Liệu cậu sẽ đương đầu với nguy cơ để bảo vệ những bí mật của thành phố hay sẽ hy sinh tất cả để bảo vệ tình yêu đích thực?
