Trong Season 2 của Blue Friend, câu chuyện xoay quanh hai nhân vật chính, Hana và Yuki, hai sinh viên trường trung học với hai cá tính hoàn toàn trái ngược nhau. Hana, cô nàng cá tính, mạnh mẽ và lạnh lùng, luôn giữ khoảng cách với mọi người xung quanh. Trong khi đó, Yuki lại là cô gái dễ thương, nhút nhát và luôn cần sự che chở. Sự xuất hiện của Hana đã thay đổi cuộc đời của Yuki hoàn toàn, từ khi họ trở thành bạn bè đến khi tình cảm trong họ bắt đầu nảy nở.
Một ngày nọ, một bí mật kinh hoàng từ quá khứ của Hana đã bị vén màn. Đó chính là sự thật về người bạn thân nhất của cô đã mất tích một cách bí ẩn từ lâu. Hana bắt đầu điều tra để phá lớp bí mật đen tối này, đồng thời phải đối mặt với những kí ức đau thương và quá khứ u ám của chính mình. Trên hành trình đầy gian nan đó, Yuki vẫn kiên trì ở bên cạnh Hana, giúp cô vượt qua mọi chông gai, đồng thời cả hai cũng càng hiểu rõ hơn về tình cảm của mình dành cho nhau. Và rốt cuộc, đoạn kết không thể lường trước đã đến với họ, khi một sự thật khác lạ lại bị phơi bày, đặt ra câu hỏi về tương lai của họ...
