Truyện "Batman - Ninja Rùa" kể về cuộc hợp tác bất ngờ giữa Batman và các Ninja Rùa khi Gotham City đối mặt với một đe dọa mới lạ từ tổ chức tội phạm Foot Clan. Cuộc gặp gỡ giữa hai phe không hẳn là suôn sẻ khi họ phải vượt qua sự khác biệt về phong cách và phương pháp chiến đấu.
Trong khi Batman đại diện cho sự nghiêm túc, ninja và tâm lý phức tạp, thì các Ninja Rùa lại mang đến sự hài hước, năng động và trẻ trung. Tuy nhiên, khi phải đối mặt với kẻ thù chung, họ buộc phải hợp tác cùng nhau để chống lại âm mưu đen tối của Foot Clan.
Dần dần, qua những trận đấu đầy kịch tính và những khám phá bí ẩn, Batman và Ninja Rùa nhận ra rằng họ cần phải kết hợp sức mạnh và khả năng của mình để đánh bại kẻ thù. Sự cống hiến và sự hi sinh của họ không chỉ đánh bại được Foot Clan mà còn tạo nên một liên minh mạnh mẽ, gắn kết bởi lòng tin và sự đoàn kết trong cuộc chiến chống lại tội ác.
