Trong Angel Beats! Heaven, học viện đặc biệt dành cho những linh hồn đã mất, cô nữ sinh Sakurako luôn giữ bí mật về quá khứ u ám của mình. Một ngày, khi cô phát hiện ra một phòng tối kín nằm sâu trong tầng hầm của trường, bí mật cổ xưa bắt đầu hé lộ.
Trong phòng, cô tình cờ nhặt được một ánh đèn cũ kỹ bịt kín trong một hộp gỗ cổ, và khi bật nó lên, cả bức tường bên trái chuyển thành một cánh cửa bí ẩn. Bước qua cánh cửa kỳ lạ, Sakurako bỗng trở về quá khứ của mình, nơi mà những bí ẩn về cái chết của mình bắt đầu hé mở.
Dần dần, những mảnh ghép về thời thơ ấu, những người bạn cũ, và ân oán lạ thường dần lộ ra, khiến cho cô phải đối mặt với quá khứ để hiểu rõ về bản thân và tìm ra ý nghĩa thực sự của cuộc sống, cũng như lòng hận thù sâu đậm đã dằn vặt cô suốt thời gian qua.
